南京市婦幼保健院創建于1936年，前身為國立中央高級助產職業學校附設產院，現為南京醫科大學附屬婦產醫院、國家級愛嬰醫院、省內首家三級甲等婦幼保健院，南京市婦女保健所、兒童保健所、新生兒疾病篩查中心、南京市婦幼保健計劃生育服務中心均設于院內。醫院集保健、醫療、教學、科研為一體，始終堅持“以保健為中心、以保障生殖健康為目的，保健與臨床相結合，面向群體、面向基層和預防為主”的婦幼衛生工作方針，常年為群眾提供多層次、全方位健康保健和疾病預防診療服務。
醫院核定床位1500張。現有莫愁路、丁家莊兩個院區，其中莫愁路院區總建筑面積10.63萬平方米；2024年9月正式啟用的丁家莊院區總建筑面積29.3萬平方米。
在2023年度全國三級公立醫院婦產醫院（含婦幼保健院）績效監測中獲最高等級A級；在2023年度全國三級婦幼保健院績效監測中獲最高等級A++級，綜合實力穩居全國婦幼健康領域“第一方陣”。
醫院以“強?？?、精綜合”為原則，以女性全生命周期健康管理服務為主線，構筑“圍產醫學部、兒童健康部、女性健康部、生殖健康部、綜合診療部、平臺學科部”六大部。通過持續強化傳統的產科、婦科、新生兒科、麻醉科、產前診斷（遺傳）研究室、中醫科等重點專科，持續做大做強老牌學科。通過聚力發展血液凈化中心、消化內鏡中心、健康體檢中心、小兒外科、疼痛科等特色科室，穩步做精做細新興學科。通過精心打造重癥醫學科、綜合內科、普外科、急診醫學科等支撐科室，深入提高綜合救治能力。婦科獲批國家臨床重點?？平ㄔO項目，婦產科學為省“十四五”衛生健康科教能力提升工程之省醫學重點學科；有省級臨床重點?？?個、省級中醫臨床重點專科1個，市級醫學重點?？?1個、省婦幼保健重點學科4個。醫院先后獲批國家級兒童早期發展示范基地、國家孕產期保健特色?？?、國家新生兒保健特色專科、國家更年期保健特色?？?、國家孕前保健特色專科等。
醫院著力推進醫教研齊頭并進，現為國家級住院醫師規范化培訓基地、國家級博士后科研工作站、南京醫科大學生殖醫學與子代健康全國重點實驗室附屬婦產醫院分中心、南京市臨床醫學中心、南京市女性生育力保護及重塑醫學重點實驗室等。近五年獲批國家重點研發計劃課題、國家自然科學基金75項、省市級項目400余項；獲各類科技成果獎26項，其中省部級科技成果獎17項，獲各類新技術引進獎52項，其中省級以上新技術引進獎24項；在N Engl J Med、Nature、Nature medicine、Nature communications等權威期刊發表研究論文600余篇；獲批專利和軟件著作權235項，完成科技成果轉化10余項。在中國醫學院校/中國醫院五年總科技量值（ASTEM）排行榜中，婦產科學第20名（全省第一）、兒科學第34名、整形外科學第40名、麻醉學第77名、泌尿外科學第100名。
醫院在國內率先打造衛健系統“家”文化品牌，服務內涵圍繞全生命周期，從單純疾病診治到服務于患者個體，延伸至關注其整個家庭。開創產科門診“一醫一護一診室”、產科病區母嬰床旁護理新模式，省內首開二胎咨詢門診，增設產科專病、特色門診，成立高級專家會診中心；加強病員服務中心建設，拓寬預約掛號渠道，優化分時段就診，升級微導診服務；成立國內第二家、華東地區首家純公益性質母乳庫，助力完善極低、超低出生體重兒救治與發展性照顧體系；推進“智慧醫院”建設，2019年6月順利通過國家電子病歷系統功能應用水平分級評價五級評審（江蘇省首批），2021年7月通過全國醫院信息互聯互通標準化成熟度測評四級甲等評審，2024年11月通過全國醫院智慧服務分級評估三級評審；在全國率先試點女性全生命周期健康管理，以院內轉診轉介功能模塊為手段，搭建女性全生命周期智能化健康管理系統。
醫院充分發揮輻射帶動作用，健全三級婦幼保健網絡體系，擔負全市近200家醫療保健機構婦幼保健工作的業務培訓、指導和質量管理，與125家基層單位建立雙向轉診合作，促進基層人員服務能力不斷提升。主動融入南京都市圈和長三角區域一體化發展，在省內率先成立婦幼保健?？坡撁?，現有集團成員單位41家、專科聯盟成員單位8家、南京市內醫聯體成員單位23家，在“互聯網+分級診療”的推動下，形成區域內補位發展模式，持續推進優質醫療資源擴容和均衡布局，不斷滿足群眾多層次多樣化婦幼健康服務需求。
醫院秉承“厚德、愛生、精進、釋悅”之院訓，以全生命周期健康管理服務為主線，護佑婦女兒童健康為己任，努力打造國際知名、國內一流、省內示范的高水平婦幼保健院，為全方位、全周期保障人民群眾特別是婦女兒童的健康貢獻力量。